此經的內容,是佛為文殊、普賢等十二位菩薩宣說如來圓覺的妙理和觀行方法。佛入于神通大光明藏三昧,諸佛眾生清凈寂滅平等圓滿不二所現凈土,有文殊師利等十二大菩薩為上首的十萬大菩薩眾,皆入此三昧,住于如來平等法會。佛因文殊師利等十二大菩薩次第請問,而依次宣說圓覺的義理和觀行,即分十二章,每章先以長行問答說法,后以偈頌重宣其義。其中:
(1)文殊章:是一經的宗趣所在。宣說有大陀羅尼──圓覺法門,流出一切清凈真如、菩提、涅盤及波羅蜜。顯示佛菩薩的因行果相都不外乎修證本有的圓覺道理。以下各章即說其觀行。
(2)普賢章:說示圓覺境界的修行方便,遠離一切幻妄境界,知幻即離,離幻即覺。
(3)普眼章:說示修習圓覺,應當正念遠離諸幻,先依奢摩他行,堅持凈戒,宴坐靜觀身心幻垢、人法二空,乃至幻滅垢盡,一切清凈,覺性平等不動。
(4)金剛藏章:說示圓覺本性平等不壞,眾生有思惟心不能測度如來境界,故應先斷無始輪回根本。
(5)彌勒章:說示愛欲為輪回根本,一切眾生由本貪欲,發揮無明,顯出五性差別,依事理二障而現深淺。應發大愿,求善知識,漸斷諸障,證大圓覺。
(6)清凈慧章:說示圓覺自性本無取證,但于除滅一切幻化修證位中,有凡夫隨順覺性、菩薩未入地者隨順覺性、菩薩已入地者隨順覺性、如來隨順覺性諸位差別。
(7)威德自在章:說示修行的方便,依著眾生的根性而有三種差別:奢摩他,三摩缽提,禪那。此三法門若得圓證,即成圓覺。
(8)辯音章:說示單修奢摩他或三摩缽提或禪那一法,乃至或先或后齊修二法乃至三法等二十五種清凈定輪的修行方法。
(9)凈諸業障章:說示覺性本凈,但由眾生從無始以來,妄執有我、人、眾生、壽命,認四顛倒為實我體,妄生嗔愛,生妄業道,不能入于清凈覺海。
(10)普覺章:說示欲求圓覺,應除作、任、止、滅四種病相,以及去除諸病,求證圓覺之道。
(11)圓覺章:說示修行大圓覺者,長期、中期、下期三種安居的方法,以及修習奢摩他、三摩缽提、禪那三觀等方便。
(12)賢善首章:說示此經名大方廣圓覺陀羅尼,亦名修多羅了義等五名,并信聞受持此經的功德利益等。